Naturalis is meer dan alleen een Natuurhistorisch Museum. De collectie omvat inmiddels 37 miljoen dieren, planten en stenen. Slechts een klein deel daarvan is in het museum tentoongesteld. Het grootste deel ligt opgeslagen in de zilverkleurige toren. De klimaatomstandigheden kunnen hier optimaal worden beheerst. Naast het inrichten van tentoonstellingen in het museum, doet Naturalis allerlei onderzoek in de laboratoria, maar ook in het veld. Alle kennis en expertise worden onder andere via de universiteiten van Leiden, Amsterdam en Wageningen overgedragen aan de onderzoekers van morgen.

De architect heeft de drie functies,  opslag, tentoonstelling en onderzoek,  ruimtelijk met elkaar verbonden. Onderzoekers lopen via een luchtbrug door de tentoonstellingsruimte en andersom kunnen bezoekers in hun werkruimte naar binnen kijken. Vanuit een raam in het depot kan zelfs een symbolisch kijkje worden genomen in de verborgen collectie.

In het zeventiende-eeuwse Pesthuis bevindt zich de entree met kassa, garderobe en museumwinkel. Het is door middel van een loopbrug verbonden met de nieuwbouw. Opvallend is het zebramotief boven de glazen strook. Van de bezoekers die de brug passeren ziet men alleen de benen.  Op drukke dagen lijkt het dus alsof  een kudde zebra’s het Natuurhistorisch museum binnenloopt.

In de grijze stucwerkgevel aan de Plesmanlaan zijn 1250 roestvaststalen pijpjes aangebracht. Hieraan kunnen platen worden opgehangen met informatie over actuele tentoonstellingen.

Het ontwerp werd in 1998 genomineerd voor de regionale cultuurprijs Zilveren Veer en kreeg in 1998 de Museumprijs van het Prins Bernhard Cultuurfonds. Tegenwoordig heeft het museum uitbreidings- en veranderplannen. Er is een prijsvraag geweest. Spannend welke kant het op zal gaan.